Основными функциями учреждения являются:
- организация и ведение бюджетного учета и отчетности, обязательных и хозяйственных операций в натуральном и денежном выражении путем сплошного, непрерывного, документального и взаимосвязанного их отражения в бухгалтерских регистрах в соответствии с действующим законодательством;
-предварительный контроль над соответствием заключаемых договоров лимитам бюджетных обязательств, за своевременным и правильным оформлением первичных учетных документов и законностью совершаемых операций;
- контроль над правильным расходованием целевых бюджетных средств и средств, полученных от предпринимательской деятельности и иной, приносящей доход деятельности; за наличием и движением имущества, использованием товарно - материальных ценностей, трудовых и финансовых ресурсов в соответствии с нормативами и бюджетными сметами, сметами по предпринимательской деятельности;
-обеспечение выполнения обязательств по своевременной выплате заработной платы работникам обслуживаемых учреждений и других обязательств согласно планов ФХД, бюджетным сметам и сметам по предпринимательской деятельности;
- составление и представление отчетности в налоговые органы, внебюджетные фонды, органы статистики, органам власти;
- участие в годовой и периодической инвентаризациях имущества и финансовых обязательств, своевременное определение ее результатов и отражение их в бюджетном учете;
- ведение учета доходов и расходов по средствам, полученным от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности, целевым и безвозмездным поступлениям;
- составление и согласование с руководителями учреждений планов ФХД, бюджетных смет, смет по предпринимательской деятельности и расчетов к ним;
- консультирование руководителей обслуживаемых учреждений по вопросам налогообложения, бюджетного учета и отчетности;
- экономический анализ результатов деятельности учреждений;
- разработка мероприятий по более широкому применению современных средств автоматизации бухгалтерского учета и отчетности;
- осуществление мероприятий по подготовке и повышению квалификации работников Учреждения;
- представление интересов обслуживаемых учреждений по доверенности в различных организациях.